¿Qué es un archivo PDB?

Qué saber

• Algunos archivos PDB son archivos de bases de datos de programas.
• Abra uno con un editor de texto o un programa como Geneious.
• Convierta a otro formato con el mismo programa que abre su archivo de base de datos específico.

Este artículo explica qué es un archivo PDB, cómo abrir uno y cómo convertirlo a un formato diferente.

Definición de un archivo PDB

Un archivo con el PDB extensión de archivo Es muy probable que sea un archivo de base de datos de programa que se utiliza para contener información de depuración sobre un programa o módulo, como un DLL o EXE archivo. A veces se les llama archivos de símbolos.

El archivo asigna varios componentes y declaraciones en el código fuente a su producto compilado final, que luego el depurador puede usar para encontrar el archivo fuente y la ubicación en el ejecutable en la que debe detener el proceso de depuración.

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Es posible que algunos archivos PDB estén en el formato de archivo del banco de datos de proteínas. estos son simples archivos de texto que almacenan coordenadas relativas a las estructuras de las proteínas.

Se pueden crear otros archivos PDB en el formato de archivo Palm Database o PalmDOC y usarse con el dispositivo móvil PalmOS. Sistema operativo ; algunos archivos en este formato utilizan la extensión de archivo .PRC. Otro formato más que utiliza esta misma extensión es Tanida Demo Builder.

Cómo abrir un archivo PDB

Diferentes programas usan su propio archivo PDB para almacenar datos en algún tipo de formato de base de datos estructurada, por lo que cada aplicación se usa para abrir su propio tipo.

Generoso , Acelerar , Estudio visual , y Pegaso son sólo algunos ejemplos de programas que podrían utilizar el archivo como archivo de base de datos. radares y PDBparse También podría funcionar.

Algunos archivos PDB se almacenan como texto sin formato, como los archivos de la base de datos de depuración del programa Geneious, y son completamente legibles por humanos si se abren en un editor de texto . Puede abrir este tipo de archivo PDB con cualquier programa que pueda leer documentos de texto, como el programa Bloc de notas integrado en Windows. Algunos otros visores y editores compatibles incluyen Bloc de notas++ y Soportes .

Otros archivos PDB no son documentos de texto y sólo son útiles cuando se abren con el programa para el que están destinados. Por ejemplo, si el suyo está relacionado de alguna manera con Quicken, intente usar ese software para verlo o editarlo. Visual Studio espera ver un archivo PDB en la misma carpeta que el archivo DLL o EXE.

Puede ver y editar archivos del banco de datos de proteínas en Windows, Linux y macOS con Avogadro . Estos programas también pueden abrir el archivo: jmol , RasMol , QuickPDB , y Quimera de la USCF . Como son texto sin formato, también puedes abrir uno en un editor de texto.

Escritorio de palma Debería poder abrir este archivo si está en el formato de archivo Palm Database, pero es posible que primero deba cambiarle el nombre para que tenga la extensión de archivo PRC para que ese programa lo reconozca. Calibre es otra opción.

Para abrir un archivo PalmDOC PDB, intente Visor STDU .

Constructor de demostración de Tanida abre archivos en ese formato.

Cómo convertir un archivo PDB

Lo más probable es que los archivos de bases de datos del programa no se puedan convertir a un formato de archivo diferente, al menos no con un herramienta de conversión de archivos normal . En cambio, si existe alguna aplicación que pueda convertir este tipo de archivos, sería el mismo programa que pueda abrirlos.

Por ejemplo, si necesita convertir su archivo de base de datos de Quicken, intente usar ese programa para hacerlo. Este tipo de conversión, sin embargo, probablemente no sólo sea de poca utilidad sino que además no sea compatible con estas aplicaciones de bases de datos (es decir, probablemente no necesite convertir este tipo de archivo PDB a ningún otro formato).

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Los archivos del Protein Data Bank se pueden convertir a otros formatos con Laboratorio de malla . Para hacer esto, es posible que primero deba convertirlo a WRL con PyMOL desde el Archivo > Guardar imagen como > VRML menú, y luego importe el archivo WRL en MeshLab y use el Archivo > Exportar malla como menú para finalmente convertir el archivo PDB a STL u otro formato de archivo.

Si no necesita que el modelo esté en color, puede exportar el archivo directamente a STL con USCF Chimera (el enlace de descarga está arriba). De lo contrario, puede utilizar el mismo método anterior (con MeshLab) para convertir PDB a WRL con USCF Chimera y luego exportar WRL a STL con MeshLab.

Para convertir PDB a PDF o EPUB , si tiene un archivo PalmDOC, es posible de varias maneras, pero probablemente la más fácil sea usar un convertidor en línea como Zamzar. Puede cargar su archivo en ese sitio web para tener la opción de convertirlo a esos formatos, así como a AZW3, FB2, MOBI , PML, PRC, TXT y otros formatos de archivos de libros electrónicos.

Para convertir uno al formato FASTA se puede hacer con Conversor de PDB a FASTA en línea de Meiler Lab .

También es posible guardar este archivo en CIF (formato de información cristalográfica) en línea usando PDBx/mmCIF .

¿Aún no puedes abrirlo?

Los archivos que no se abren con ninguna de las herramientas anteriores probablemente no sean en realidad archivos PDB. Lo que podría estar pasando es que estás malinterpretando la extensión del archivo; algunos formatos usan un sufijo que se parece mucho a PDB, cuando en realidad no están relacionados y no funcionan igual.

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Por ejemplo, un archivo PDF es un archivo de documento, pero la mayoría de los programas anteriores no reproducirán el texto y/o las imágenes correctamente si intenta abrir uno con estos programas de software. Lo mismo ocurre con otros archivos con extensiones de archivo escritas de manera similar, como DBF , DB , ADP , PD, PDE, PDC, PDO y WPD archivos.

PBD es otro que pertenece al programa EaseUS Todo Backup y, por tanto, sólo es útil cuando se abre con ese software.

Si no tiene un archivo PDB, investigue la extensión de archivo que tiene su archivo para poder encontrar el programa adecuado que lo abra o lo convierta.

Lectura avanzada de archivos PDB

Puede leer mucho más sobre los archivos de bases de datos del programa en GitHub y Wintelecto .

También hay más que aprender sobre los archivos del Protein Data Bank; ver Banco mundial de datos de proteínas y RCSB AP .

• ¿Cómo soluciono cuando Visual Studio no puede encontrar o abrir archivos PDB?

  Si ve un mensaje que indica que Visual Studio no puede encontrar ni abrir el archivo PDB, intente utilizar la herramienta de depuración de Visual Studio. Vaya a Herramientas > Opciones > Depuración > Símbolos y seleccione Servidores de símbolos de Microsoft.

  
  

• ¿Cómo abro un archivo PDB en Android?

  Utilice un lector de archivos de terceros. Descarga la aplicación Cool Reader o cualquier otro lector compatible con archivos PDB en Google Play.